Δυστυχώς, τούτη η ποικιλομορφία στη εκδήλωση του συνδρόμου έχει επιφέρει σύγχυση σε γυναίκες, γυναικολόγους και ιατρούς άλλων ειδικοτήτων. Γυναίκες με αυτήν την πάθηση μπορεί να αναζητήσουν τη συμβουλή του γυναικολόγου, του ενδοκρινολόγου ή του παθολόγου, αφού τα συμπτώματα μπορεί να μην περιορίζονται στο γεννητικό σύστημα. Αυτό σημαίνει ότι η διάγνωση μπορεί να γίνει από ιατρούς με διαφορετική εμπειρία και γνώμη. Επιπλέον, τα κριτήρια με τα οποία η γυναίκα που έχει κάποιο ορμονικό πρόβλημα διαγιγνώσκεται ότι έχει το σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών δεν είναι σε όλους ξεκάθαρα - αν και θα έπρεπε να είναι! Δεν πάσχουν όλες οι γυναίκες με πολυκυστικές ωοθήκες στο υπερηχογράφημα. Επίσης, κάποιες γυναίκες με το σύνδρομο έχουν φυσιολογική εικόνα ωοθηκών. Όχι όλες οι διαταραχές περιόδου έχουν σημασία για τη διάγνωση της κατάστασης. Ούτε η ύπαρξη ανεπιθύμητης τριχοφυίας ή υπέρμετρου σωματικού βάρους εξασφαλίζουν τη διάγνωση.
Η σωστή διάγνωση του συνδρόμου πολυκυστικών ωοθηκών είναι επιτακτική, καθότι η ορμονική ανισορροπία διαρκεί συνήθως αρκετά χρόνια και σχετίζεται με μικρή αλλά υπαρκτή αύξηση της εμφάνισης προβλημάτων υγείας στο εγγύς ή απώτερο μέλλον.
